El Herbario y Jardín botánico cuentan con 5 colecciones científicas, dos de ellas de carácter histórico, dos de ellas corresponden a las colección moderna de plantas herborizadas, la colección viva del jardín botánico y la colección de semillas, que actualmente está en desarrollo.
• Herbario Histórico de la Biblioteca Lafragua.
El Herbario histórico data del siglo XIX y se creó en lo que era Colegio del Estado. Está integrada por 5 colecciones que actualmente están siendo digitalizadas para su conservación y su consulta a nivel mundial. Las especies que corresponden a este Herbario están siendo incorporadas a la base general del Herbario actual de la BUAP cuyas siglas internacionales son HUAP. Actualmente se puede consultar digitalmente en la página de la Biblioteca Lafragua.
• Colección de muestras medicinales.
La estrecha relación entre la medicina, la farmacia y la botánica durante la segunda mitad del siglo XIX en Puebla, quedo reflejada con la formación de la primera carrera en medicina en Puebla en 1825, cuando varias obras botánicas y médicas fueron publicadas. En el Herbario se cuenta con una colección de muestras medicinales de uso conocido cuya adquisición se estima debió ser hecha entre 1902 a 1938. Esta colección de origen alemán, se piensa tenía 269 muestras, sin embargo se deduce que varias muestras fueron extraviadas antes de donarla al Herbario y Jardín Botánico. Aquí se encuentran plantas de gran valor medico como la digitalis, amapola y la belladona.
• Herbario HUAP.
Iniciado en 1986, cuando se adquirieron las primeras cinco gavetas de Herbario, esta colección obtuvo el 5 de julio de 1995 su registro internacional en el Index Herbariorum de New York, con las siglas HUAP. Actualmente tiene más de 37000 especímenes y día con día su acervo está incrementándose. Al igual que el Herbario histórico, esta colección moderna también se está digitalizando para facilitar su consulta.
• Jardín Botánico.
El Jardín Botánico Universitario tiene una gran colección de plantas vivas, pertenecientes a coníferas, plantas con flor y helechos. Se considera la colección más grande de especies nativas de México y cuenta con un alto estándar de curación. Entre sus colecciones importantes a destacar se puede mencionar la colección de Quercus que tiene, la colección de Jatrophas y, todas ellas distribuidas en sus 10 secciones.
• Colección de semillas.
Se cuenta con una colección de semillas de especies nativas silvestres del estado de Puebla. Esta colección cuenta con especies, almacenadas en condiciones adecuadas para su conservación a mediano plazo. Estas semillas constituyen un importante reservorio genético para la conservación de la diversidad vegetal del estado.
